מתוך תפקידו כמנהיג רוחני ועל בסיס לימודי תנ"ך מעמיקים, מביע ד"ר פרז מאטוס באופן קבוע ותקיף את תמיכתו הבלתי מסויגת במדינת ישראל – בזכותה להתקיים כמדינה יהודית ריבונית ולהכריז על ירושלים כבירתה הנצחית.